山門をくぐると正面に本堂、向かって右側に手水舎・納経所、左側に観音堂があります。

普門寺のご本尊は、お釈迦さまとして親しまれている「釈迦牟尼仏（しゃかむにぶつ）」です。その左右に「阿難陀尊者（あなんだそんじゃ）」と「大迦葉尊者（だいかしょうそんじゃ）」が並んでいます。

本堂の奥には開山堂があり、曹洞宗大本山永平寺を開かれた道元禅師、そしてこの普門寺の礎を築かれた歴代住職が祀られています。